Si tratta di una raccolta di 114 detti introdotti generalmente dalle parole: “Gesù disse”, dichiaratamente facenti parte di un sapere esoterico, in quanto lo scrittore esordisce così:

Questi sono i detti segreti pronunciati da Gesù, il Vivente, e scritti da Didimo Giuda Tomaso.

In questo vangelo s’incontrano alcuni tratti fondamentali del pensiero gnostico, come la necessità di staccarsi da ogni vincolo terreno, in quanto spirito e materia sono in conflitto, motivo per cui lo gnostico è uno “ straniero” nel mondo. Il Perfetto, cioè lo gnostico (e qui troviamo un termine che apparterrà alla dottrina catara) deriva dall’Uno e in lui convivono due Io, uno dei quali è destinato a morire per ritornare alla sua origine. Lo Spirito Santo è definito di natura femminile e si presenta come la vera madre di Gesù (in ebraico “spirito” è femminile). Vi è in questo Vangelo la prova di una fazione avversa alle donne e, in particolare, alla Maddalena, tra gli Apostoli, ed essa è capeggiata da Pietro che afferma:

Maria deve andare via da noi! Perché le femmine non sono degne della vita!

Gesù gli risponderà enunciando un punto cardine della dottrina gnostica, ricordando l’originaria bisessualità degli uomini al momento della creazione, la successiva divisione in seguito alla caduta e la necessità della riunione delle due parti, per questo:

….ogni femmina che si fa maschio entrerà nel Regno dei cieli.